Mikroskop, insanlığın en büyük icatlarından biridir. Buluşundan önce, çevrelerindeki dünya hakkındaki insan fikirleri çıplak gözle görmekle veya çıplak gözle görmeye yardımcı olması için lensleri tutmakla sınırlıydı.
Mikroskoplar, insan vücudundan bitki liflerine kadar yüzlerce "yeni" minik hayvan ve bitkinin iç işleyişini ilk kez görerek insan görüşünde yepyeni bir dünyanın kapılarını açtı. Mikroskopi ayrıca bilim insanlarının yeni türler keşfetmesine ve doktorların hastalıkları tedavi etmesine yardımcı olur.
İlk mikroskoplar 16. yüzyılın sonlarında Hollanda'da yapıldı. Mucitler, Hollandalı bir gözlükçü olan Yas Jensen veya iki mercekle basit mikroskoplar yapan ancak bu aletlerle önemli gözlemler yapmayan başka bir Hollandalı bilim adamı Hans Lipsch idi.
Daha sonra iki kişi bilimde mikroskop kullanmaya başladı. İlki İtalyan bilim adamı Galileo Galilei idi. Bileşik gözlerinden sonra ilk olarak bir böceği mikroskopta tanımlamıştır. İkincisi, lensleri bilemeyi kendisi öğrenen Hollandalı keten tüccarı Leeuwenhoek'ti (1632-1723). İlk defa çıplak gözle görülemeyen birçok minik bitki ve hayvanı tarif etti.
1931'de Ernst Ruska bir elektron mikroskobu geliştirerek biyolojide devrim yarattı. Bu, bilim adamlarının bir milimetrenin milyonda biri kadar küçük nesneleri gözlemlemelerini sağlar. 1986'da Nobel Ödülü'ne layık görüldü.